随着科技的飞速发展，生命科学已经成为一个跨学科融合的前沿领域。然而，这一领域的工具和资源一直面临着标准化和规范化的挑战。Bio-OS平台的出现，不仅为科研人员提供了一个高效、便捷、可复现的分析环境，还为学生和新入行者提供了学习和实践的平台，极大地推动了生命科学的发展和教育。
为了进一步推动国内生命科学领域的交流与合作，构建一个“开放、创新、合作、共赢”的科研新生态，CCF开源创新大赛暨第二届Bio-OS开源开放大赛于近日盛大启动。为了深入了解Bio-OS平台的价值和影响，51CTO采访了本届大赛的主席、大赛的合作方、往届参赛团队的指导老师以及参赛选手，分享了他们对Bio-OS平台的独到见解和深刻认识，以及他们在参赛过程中的宝贵经验，为我们揭示了Bio-OS 这一平台在推动生命科学发展中所扮演的重要角色。
Bio-OS应运而生，赋能科研新时代
长久以来，生物信息学领域呈现出了多样化的数据库、分析工具、开源算法库、软件包和软件支撑系统，这些资源来自各个研究机构和企业，它们在不同领域内独立开发，以支持生物信息学分析系统的构建与部署。然而，由于缺乏统一的标准和规范，这些工具往往各自为政，难以形成统一的研发范式，也无法广泛成为生物信息技术和大数据处理的有力支撑体系。
随着生物信息学不断融入人工智能、大数据等前沿技术，其跨学科特性愈发显著。在这一背景下，Bio-OS平台的应运而生诞生。正如本届大赛主席，广州实验室研究员，博士生导师，科学数据平台主任李亦学所强调的，面对大数据时代数据密集型科研第四范式和AI4Science第五范式所带来的科研挑战，广州实验室与火山引擎携手打造了Bio-OS平台，提供了标准化、规范化的生物信息学分析工具和环境，以应对生信领域的变革。
Bio-OS平台不仅显著降低了生物医学大数据挖掘的复杂度，还能灵活便捷地构建符合研究任务需求的大数据分析工作流。其结果的可复现性使得研究人员能够更专注于本领域的科学问题，从而加速科学发现并提高研究效率。对于高校学子而言，Bio-OS平台同样提供了丰富的实践机会，他们可以通过平台灵活设置实践课程，进行基础的生物信息学学习和训练，迅速成长为生物信息学领域的技术专家和能手，为科研事业贡献更多力量。
广州金域基因检测中心生物信息部主任孙明明认为，Bio-OS平台是一种全新的模式，它不仅提供了数据分享的功能，还集成了众多先进工具。这一平台将生物信息学与云平台紧密结合，使学习者和研究者能够更方便地分享数据和工具，不再受限于自己的科研院所或公司。这种开放性不仅拓宽了整个生物信息产业链的视野，也为生物信息学领域的创新和发展注入了新的活力。
作为此次大赛的合作方，寻因生物在数据资源和技术方面提供相应的支持。除了对大赛的支持以外，寻因生物也正在将部分业务迁移到Bio-OS平台。寻因生物生信总监张广鑫也非常认同Bio-OS平台的设计理念。“Bio-OS是一个开放的平台，用户可以共享分析的软件、环境和代码，同时提供公有的数据集供用户使用，还可以方便得调用私有的数据，并且保护数据安全。Bio-OS平台可以帮助用户提升分析效率，减少计算资源和计算环境的关注，将更多时间和精力集中在生物特征和生物现象本身。并且Bio-OS平台底座是在火山引擎上，公有云的方式也减少了我们对计算资源焦虑的痛苦。”
Bio-OS驱动多领域生命科学价值创新
随着生命科学领域的飞速发展，对高效、可靠、可复现的分析平台的需求日益迫切。Bio-OS平台不仅满足了这些核心需求，更为多个领域带来了前所未有的价值。无论是提升科研效率、推动学术交流，还是助力人才培养，Bio-OS平台都展现出了其独特的魅力和深远的影响力。
据了解，Bio-OS平台以其云原生架构体系和GA4GH规范标准的支持，展现了其在生命科学领域的独特优势。这一平台不仅确保了分析流程的可移植性，还践行了“一次构建，处处运行”的云原生理念，使得生命科学领域的研究人员能够轻松一键开启生物信息学分析，大大提高了科研效率。
西安电子科技大学计算机科学与技术专业计算生物信息学研究所研三学生黄朝阳指出，生信论文复现环节常常面临多重挑战，任何一个环节的失误都可能导致无法复现的结果。然而，Bio-OS平台通过打包整个实验流程，极大地简化了这一流程。研究人员无需自行配置代码搭建环境，只需登录Bio-OS平台，一键运行，上传数据，符合规范后即可迅速获得分析结果。这种便捷性大大降低了论文复现的门槛，为科研工作者带来了极大的便利。
对于高校和科研机构而言，Bio-OS平台是一个实践平台，可帮助学生和研究者更好地培养数据思维、掌握必要的技术和分析思路。成都东软学院健康医疗科技学院杜萌泽老师强调，数据在生物信息学中占据着举足轻重的地位。过去，科研数据多来源于已发表的文章，这些数据通常存放在公共数据库中，且对数据输出的限制较多。但Bio-OS平台，可让数据获取以及后续复现环境搭建变得更加简单，从而也提高了数据的可复现性。通过平台上的实时交互分析环境和数据管理工具，学生可以更快地掌握生物信息学的基本知识和技能，为未来的科研创新打下坚实的基础。
上海交通大学医学院附属瑞金医院主治医师、Hiplot平台创始人兼首席技术顾问王铭杰对Bio-OS平台给予了高度评价。他认为Bio-OS不仅是一个超前的理念，更是未来生物信息学发展的长远着眼点。他表示，Bio-OS的设计理念与国际一流的生物信息云平台保持一致，以Workspace为核心理念构建生信分析工作环境，并在工具、技术标准、数据管理、任务执行与调度等方面实现了规范统一。这一平台的出现有望促进不同医院和研究所之间的数据和技术交流，进一步弱化壁垒，推动整个生物信息学领域的发展。
Bio-OS平台无疑为生命科学领域注入了新的活力。它不仅以其高效、便捷的特性，让科研工作者们能够更轻松地应对挑战，更以其开放、共享的精神，促进了不同领域间的交流与合作。
Bio-OS开源开放大赛开启，精英经验分享
Bio-OS开源开放大赛是面向生物医学领域相关高校、科研机构、企业等从业人员的全国性公益大赛。2023年，首届大赛就吸引了来自全球45所高校、16所科研机构、8家企业接近200支团队、400多名选手参与。经过一个多月的激烈角逐、层层选拔，最终25支参赛团队荣获大赛各个奖项。
2024年，CCF开源创新大赛暨第二届Bio-OS开源开放大赛也于近日正式开赛。本届大赛更是在中国计算机学会和广州实验室的联合指导下，由火山引擎和 Intel 联合主办，协办单位包括中国生物信息学学会（筹）、中国计算机学会开源发展委员会、上海生物信息学会、广东省生物信息学会，公益支持单位为中国光华科技基金。本届大赛的赛题分为三个赛道，包括论文复现赛道、任务挑战赛道和AI赛道，三个赛道奖金总额达到31.5万元，并且邀请到业内知名专家和学者作为大赛评委团。
作为第一届大赛论文复现赛道的前三强，黄朝阳分享了他的宝贵经验。他强调，在配置基础环境时，务必先运行主要示例代码，随后再逐步完善辅助环境和辅助代码的运行。他建议参赛者不要一次性将最终环境全部部署到Bio-OS平台，而应逐步更新，以防止因环境问题导致的代码运行失败。
作为第一届大赛任务挑战赛前三强的孙明明则建议参赛者注重积累和实践。他认为，只有不断学习、练习和沉淀知识，才能在比赛中游刃有余。他特别指出，对Bio-OS系统的熟悉程度将直接影响参赛的难度，因此前期的准备和了解至关重要。
而同样作为第一届大赛任务挑战赛前三强的王铭杰则特别强调了团队合作的重要性。他建议参赛者不要孤军奋战，而是组建一个分工明确、具备综合生物信息和IT知识的团队。他认为，团队合作能够更有效地解决赛题，提高完成质量，从而更容易取得好成绩。同时，他也提醒参赛者，由于比赛高手云集，必须全力以赴，不可掉以轻心。
值得一提的是，在第一届大赛中，成都东软学院派出了15支参赛队伍，共计50多位才华横溢的同学。他们在论文复现赛道上凭借出色的表现，荣获了第二名的好成绩。作为成都东软学院参赛团队的指导老师，杜萌泽鼓励学生们以积极的心态面对比赛。她认为，参与比赛本身就是一次宝贵的学习和成长机会，无论结果如何，过程中的收获都是巨大的。她鼓励学生们“但做好事，莫问前程”，勇于尝试，不断努力，为生物信息学领域的发展贡献自己的力量。
共赴生命科学盛宴，探索创新之路
CCF开源创新大赛暨第二届Bio-OS开源开放大赛不仅是生命科学领域的一次盛会，更是推动行业发展、促进学术交流的重要平台。目前，大赛已经开启报名，并且进入到初赛阶段。我们诚挚邀请对生命科学领域充满热情的师生、研究人员和行业专家参与其中，共同探索生命科学的无限可能。
报名连接：https://www.bagevent.com/event/registerTicket/8826248
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大赛组织：
- 指导单位：中国计算机学会、广州实验室
- 主办单位：火山引擎、Intel
- 协办单位：中国计算机学会开源发展委员会、中国生物信息学学会（筹）、上海生物信息学会、广东省生物信息学会
- 公益支持单位：中国光华科技基金会
- 合作单位：寻因生物、南方医科大学、成都东软学院
- 合作伙伴：字节跳动开源、稀土掘金、火山开发者社区、字节跳动技术团队、DeepTech、51CTO、YuLabSMU、生信石头、优雅R、生信媛、小麦研究联盟、悟空平台omics、多组学与健康、生信技能树、宏基因组、生信基地biomamba
