尽管区块链有许多的优点，但是与任何事情一样，区块链技术也有缺点。
首先就是处理能力问题，一些区块链是“慢”的。区块链以一定的速度移动（或处理信息），不同的区块链以不同的速度移动。例如，比特币网络平均每 10 分钟处理一次区块。建议等待 6 次确认（即区块），然后才能确信交易不会因 51% 攻击而“逆转”。6 次确认 * 10 分钟 = 60 分钟。在接受比特币的商家（即咖啡店）的销售点情况下，在客户购买后等待一个小时给他们商品是不切实际的。这个缺点可以通过闪电网络等第二层解决方案、具有更快确认时间的区块链或其他技术来克服。
区块链每个区块只能处理一定数量的数据/交易。如果区块链因使用而不堪重负，交易就会备份并且无法及时处理，类似于高速公路上的交通拥堵。这导致更长的等待时间和更高的费用，因为用户相互竞争以更快地处理他们的交易。比特币和以太坊经常发生这种情况。
储存空间问题，随着区块链的老化，它们变得越来越大，需要越来越多的磁盘空间。在一定规模下，只有拥有大量磁盘空间的人才能保存完整的区块链记录。这减少了权力下放，并可能招致滥用或攻击。
能源使用。随着工作量证明区块链的发展，它们需要越来越多的能源使用。根据能源的来源，如果能源正在造成伤害或有耗尽的风险（即燃煤电厂、化石燃料），这可能是有害的。
缺乏隐私。在像比特币这样的公共区块链上，所有参与者的所有交易都可以在区块链上看到。虽然身份在比特币上是匿名的，但如果匿名身份被泄露，则可以跟踪该人曾经进行的每一笔交易。这就像是用户把自己的银行对账单向全世界开放一样。在需要或需要隐私的情况下（不仅仅是出于非法目的），这是不可接受的。在这种情况下，应该使用具有隐私技术的区块链。另一方面，当使用私有区块链时，交易无法追踪。对于希望跟踪交易的当局和政府来说，这可能被视为一个缺点。
另外一个缺点也是区块链的优势之一不变性。从理论上讲，一旦某物在区块链上，它就永远存在。在建立在区块链上的社交网络的情况下，这可能被视为一个缺点。使用传统的数据库驱动的社交网络，可以编辑或删除帖子。使用区块链驱动的社交网络，帖子永远无法编辑或删除。即使在区块链（如网站或应用程序）之上构建了可以阻止、筛选或过滤帖子的附加层，任何拥有区块浏览器的人都可以查看区块链本身的原始帖子。因此，如果用户改变主意或后悔在区块链驱动的社交网络上发布的内容，用户将无法删除它。
消除这些缺点中的每一个都是区块链技术发展的载体，也是最新一代去中心化生态系统的载体。
