可扩展性
长区块链可能会给组织带来挑战，因为它在可扩展性方面遇到了麻烦。这里有几个因素在起作用。首先，网络上每台用于确认交易和保持区块链准确记录的计算机都必须存储从创世块开始到最新块的数据。这些节点必须具备存储数据的能力。冗余创建了一个更安全的系统，但随着网络和区块链的增长，它也变得越来越低效。
此外，在区块链上创建新区块时，确认交易的节点必须将新区块广播到网络上的每个其他节点。然后他们可以验证交易并将区块添加到区块链中。随着网络规模的扩大，这可以使用大量的网络资源。在比特币和以太坊等大型公共区块链中，扩容问题可以转化为节点要求更高的交易费用来处理区块链上的交易，他们需要看到对计算资源的投资获得足够的回报。
能源消耗
使用工作量证明系统来确定哪个节点赢得确认链中下一个区块的权利的区块链可能会变得非常耗能。比特币和以太坊都使用工作量证明模型，其中节点竞争以最快的速度求解复杂方程。随着网络的发展，竞争者的数量也在增加，并且会争夺更多的计算机能力，这会消耗能源。能源消耗效率极低，因为最终只有一个节点将赢得确认下一个区块的权利。股权证明模型被认为是解决区块链面临的能源消耗问题的一种方法。然而，这样的系统本身就带来了挑战。一方面，构建一个好的权益证明系统所需的代码比工作量证明系统复杂得多。这可能会导致更多的错误和漏洞。
其次，单方可能更容易控制大部分质押的加密货币，使其对区块链行使过多的控制权。后一种漏洞在工作量证明模型中不太可能出现，因为单方将需要获得网络上的大部分计算机能力。其他方可以获得额外的计算机能力，以夺取控制权并确保区块链保持去中心化。尽管存在这些缺点，以太坊正在从工作量证明模型迁移到权益证明模型。
速度
区块链交易对于账户到账户的转账来说相对较快，但区块链的去中心化特性在日常交易中却较为糟糕。由于像比特币这样的区块链是完全去中心化的，因此在区块链上确认之前无法保证交易。这可能需要很长时间，因为比特币区块链每秒只能处理少量交易。商家可能不知道交易是否真的进行了一个小时。即使金融领域有大量有用的区块链应用程序，这对于大多数零售交易来说也是不切实际的。
没有通用标准
几乎每一个区块链技术的实现都是独一无二的。首先，它使区块链之间的互操作性变得困难。如果一家公司想与另一家公司的区块链共享数据，他们可能需要开发额外的工具来允许数据在两个区块链之间流动。已经有数十种区块链互操作性解决方案在使用中，但没有一种解决方案适合所有人的事实凸显了区块链实施的碎片化标准。第二个挑战来自开发人员在区块链上创建某些东西(例如，智能合约或去中心化金融应用程序)。由于没有通用标准，开发人员必须重新设计所有内容才能在另一个区块链上提供相同的产品。由于开发人员使用不太熟悉的平台，缺乏标准也可能导致代码中的漏洞。
隐私
区块链旨在公开分发。这意味着任何人都可以看到写入区块链的数据。尽管使用区块链钱包地址作为标识符来匿名化信息，但交易的其他细节是显而易见的。没有人会关心你发送给朋友的价值 20 美元的比特币，但某些数据和交易需要更高级别的隐私。
有私有区块链，限制谁可以作为节点参与以及谁可以查看交易。私有区块链是企业实施区块链技术而不必担心向公众泄露任何信息的一种方式，但它也有其缺点。由于私有区块链具有授权谁可以参与和不可以参与的权力，因此它并不是真正的去中心化。这会降低公众对基于区块链的产品的信任。隐私问题凸显了区块链技术必须做出的一些权衡。
