IT部门在开始部署VDI项目之前，需要从复杂度、成本和性能等三个方面认真考虑。
很少有技术性项目只需要遵循厂商的建议就能够轻松完成，而企业在部署VDI时可能会面临更多的问题。
虽然VDI能够降低成本并且减少很多管理任务，但是管理员同样需要面临众诸多挑战。考虑到成本、复杂性和性能等问题，许多企业缩减了VDI项目规模或者直接放弃该计划。
未知的复杂性
VDI能够带来的最大好处之一就是简化桌面管理。管理员不再需要管理多台独立的物理桌面，而只需要管理数量相对很少的系统镜像，因此能够大大简化软件升级或者补丁安装过程。
除了维护系统镜像之外，VDI管理还包含许多其他任务。管理员必须了解服务器、hypervisor、存储、网络、软件以及很多其他方面。此外管理员仍然需要管理物理设备，比如瘦客户端和移动设备等。
VDI管理员需要掌握多种不同技能才能够保证所有组件的正常运行，为用户提供高质量的服务以及可靠性。管理员还必须规划和控制这些虚拟桌面所使用的端口、网段、协议以及VLAN。许多管理员还需要和应用程序层打交道，这些应用程序的作用在于减少根镜像的数量，但是实际上却提升了系统复杂度。此外，VDI需要容错机制才能够避免服务器、存储和网络基础架构方面的单点故障。
管理员还必须处理虚拟化特定类型的软件可能产生的问题。一些知名的软件，比如Microsoft Office，能够在虚拟环境正常工作，但是一些传统和专业性较强的应用程序，通常需要复杂配置才能够满足虚拟桌面环境需求。
安全方面也需要引起管理员的注意。尽管VDI能够集中管理和保护数据，进而简化整个安全流程，但是其卖点之一就是允许用户从任何不同地点和设备访问虚拟桌面。而保护网络以及底层系统无疑会让安全工作变得更加复杂，因为潜在的受攻击范围大幅扩展。由于防病毒软件需要同时扫描大量虚拟桌面，会对系统造成很大压力，因此该过程将会比以往面临更多的问题。
更为糟糕的是，使用VDI通常意味着更高的风险，因为一个错误可能导致几百甚至上千台虚拟桌面同时无法访问。
糟糕的性能表现
如果几百位用户都对此表示不满，那么VDI项目无疑是失败的。对于最终用户和管理员来说，糟糕的性能表面是VDI项目所面临的最大敌人。尽管VDI在解决性能问题方面已经取得了很大进展，但是仍然存在诸多问题，解决这些问题需要付出大量精力和费用。
首要问题通常是存储基础架构。为了降低VDI成本，IT部门通常会在最少的存储空间中尝试加载尽量多的虚拟桌面，但是这样做会导致输入/输出延迟以及资源竞争问题。
通常VDI存储系统必须能够应对每天早晨的启动风暴、防病毒软件扫描、软件更新、系统备份以及无法预测的用户工作流等问题。
提升存储密度通常会导致供电和冷却资源的相应增加，并且对网络提出很高要求，因此其需要对所有经过存储的流量进行处理。如果企业将数据中心进行整合，集中到物理距离较远的几个位置，那么用户很有可能会遇到更加严重的网络延迟问题，根据距离远近而严重程度有所不同。
VDI还有可能对网络资源提出诸多限制，因为所有的桌面数据都需要在数据中心和客户端之间传输。让情况更加复杂的是，许多企业仍然使用部署VDI之前的网络基础架构。虽然管理员可以对现有网络进行升级，但是其底层架构仍然不是针对VDI而设计的。其他硬件组件也有可能导致糟糕的性能表现，比如使用了不能满足计算需求的服务器。
网络延迟也有可能导致性能问题。其会造成多媒体应用十分不稳定，特别是涉及到体积非常大的文件时。为了解决这些问题，厂商使用了很多复杂的应对方案，比如绕过远程协议，将视频流转发到客户端。不幸的是，这意味着需要在客户端上运行视频播放器，这种方式无疑会削弱拟化技术本身能够发挥的效果
无法预测的开销
VDI部门需要投入大量资源才能够提供良好的系统性能和冗余等级，保证用户的工作效率不会受到影响。考虑到所有桌面数据都需要通过网络进行传输，并且全部存储在数据中心中，因此后台服务器需要完成大量工作。企业必须在硬件方面进行投资，才能够搭建这样的基础架构，此外还需要购买冗余组件，并且周期性进行替换，这样才能够保证一切正常运行。
在评估VDI解决方案的过程中，决策者不应该只关注于使用瘦客户端能够节省多少资金投入。部署VDI项目本身需要投入大量资金，因此其通常意味着添加或者替换现有硬件。购买额外的硬件，之后投入资源来部署这些硬件。这些都会影响VDI在降低成本方面的优势。因此，VDI部门必须不断在性能和成本之间保持平衡，VDI通常会带来比最初预想更大的资金开销。
此外，在软件授权方面企业也必须十分注意。虚拟化领域的Windows和应用程序授权十分复杂。如果IT部门没有恰当处理，那么就会成为软件厂商审计的受害者，遭受大量罚款。
企业还必须考虑人员方面的成本，其中包括部署VDI、维护软件和硬件以及支持用户等方面。为了保证基础架构正常运行，IT部门可能需要聘请专业咨询顾问或者购买VDI厂商的高级服务。
