iOS 9.1 是个颇为稳定的版本，至少初初推出时的印象是这样，现在推出接近两星期，一些颇为严重的问题开始浮现。其中两大问题，正在困扰为数不少的用户。
***个问题是连接App Store，受影响的用户不能存取App Store、不能更新apps、不能找回下载记录。就算注销再登入Apple ID，依然未能修复。部分不幸的用户，问题更超越App Store，而是所有用Apple ID 登入的功能都受影响例如Game Center 和Apple Music。
第二个不少用户都遇到的重大问题是Touch ID。有些装置的Touch ID 辨识速度变得很慢，或者变得不稳定，最严重的是完全没反应。部分用户强制重启后能暂时修复，但再过一阵子问题又再发生。
之前只要由iOS 9.1 降回iOS 9.0.2 就能修正以上两个问题，可是现在Apple 已经暂停认证iOS 9.0.2。由于颇多人都受影响，外国大型传媒Forbes 甚至直接联络Apple，不过Apple 暂时不回应。
