据外媒《华尔街日报》报道，苹果发言人周三证实，新iPhone 5s将不会保存用户的指纹影像。这在某种程度上消除了市场对用户隐私的担心。取而代之的，Touch ID将只保存“指纹数据”，即经过iPhone处理器加密的数据信息。iPhone将使用数字签名进行解锁和认证iTunes或App Store上的消费。
在实际操作中，即使黑客侵入了iPhone的加密芯片，他们也不能够对用户指纹数据进行反向工程。
苹果为最新旗舰iPhone加入指纹读取传感器，这造成市场对生物信息等敏感数据保存于电子设备的担忧。指纹技术并非新的概念，但对大多数用户而言，这仍然是相对陌生的。
苹果已表示暂时不对第三方应用开放指纹传感器。在周三的采访中，苹果发言人指出，公司已为新iPhone加入了其它的安全机制——如使用Touch ID指纹系统的用户也必须创建一个密码作为备用选项。若手机被重启，或48小时内从未被解锁，该密码则将成为解锁iPhone的唯一途径。苹果此举措旨在防止黑客刻意拖延时间，以找到方法绕过指纹认证来解锁手机。
苹果强调Touch ID是对常被用于笔记本电脑上的指纹传感器的一次重大改进。不过公司发言人也提醒到，不要把该功能想得过于完美。
据测试人员反馈，Touch ID在某些时候并不能很好的工作，如手指上存有汗液、油脂，使得湿度过高时。
对于那些手指上有伤痕的人，Touch ID的表现也会不好。不过通常情况下，用户只要换根手指也能保证Touch ID的正常使用。
