尽管虚拟桌面作为一个实例在服务器内存中运行，但是桌面镜像、应用程序甚至用户数据的每个碎片都需要占用存储空间，而购买存储是需要花钱的。考虑迁移到桌面虚拟化的企业必须同时考虑和获取、安装、管理、维护以及保护用户桌面相关的许多成本。以下是VDI部署已知的成本点以及VDI部署中存储具有的鲜为人知的影响。
VDI存储已知的成本
一些常见的存储成本需要立即引起注意。最初的资本开支涉及存储系统，磁盘以及支持存储的所有软件。安装成本也应该被考虑在内，尤其是大型存储柜可能需要数据中心提供特殊的电源或制冷支持。同时还需要进行存储的运营及管理，诸如部署、监控、迁移、发现并解决故障以及备份恢复之类的任务都需要人力投入。上述成本存在于任何存储项目中，但是在大型VDI部署中存储的成本在可能被低估了。
幸运的是，通过使用其他存储项目所使用的相关策略及技术，VDI存储成本能够有所缓解。例如精简部署允许在逻辑上分配存储资源，不用实际分配所有的磁盘空间。既然存储空间实际上不会在被分配后立刻被使用，使用完所有已分配的空间可能需要花费很长的时间，那么精简部署能够将新磁盘开支推迟至真正使用存储空间的时刻。
重复数据删除通过删除存储系统中冗余的数据块和文件显著减少了存储使用。磁盘上实际只存储了一份完整的数据，冗余的数据将被删除并重定向到现有的数据。只要存储系统能够实时对活动数据进行重复数据删除并且不会对存储性能造成明显的影响，那么重复数据删除将显著提升存储效率。
分级存储也可以被用来减少VDI存储的成本。例如构成虚拟桌面基础的黄金桌面及应用程序镜像可以存储在更加昂贵但性能更高的磁盘上，而用户数据可以存储在容量更大，价格更低的磁盘上。在某些情况下，顶层存储可能使用固态硬盘(SSD)或者混合驱动器。Silverton Consulting 公司的Lucchesi 说：“你可以把SSD作为存储层的一个重要方面部署，使用SSD能够保持更好的吞吐量及随机I/O。”
最后，减少VDI部署的范围将减少总的存储需求以及VDI存储成本。ESG的Bowker说：“大多数企业仍然有一部分最终用户在部署物理桌面。”他指出当投资回报率可能没有意义时，由于具体的战略原因购买VDI的企业将承担这些费用。需要传统桌面/便携式电脑系统所具有的多种功能的用户可能并不是很好的虚拟化候选者，尤其是当这些用户需要频繁更改桌面或者对桌面进行定制时。
VDI存储隐含的成本
但是迷恋VDI承诺的企业可能轻易招致大量几乎不为人知的成本。如果放任自流，可能导致存储需求以及成本激增。VDI部署中一个常见的错误就是满足于包括所有配置文件、操作系统、应用程序以及用户的“厚”虚拟桌面。厚虚拟桌面能够运行，但是它占用的存储空间比虚拟桌面实例实际需要的多很多。当容量过大的镜像乘上总的“厚”虚拟桌面数乘上用于备份及灾难恢复的额外存储，总的存储需求可能很轻易压倒VDI所声称的成本效益。
对虚拟桌面部署进行管理可能存在问题而且代价很高。只有管理员能够使用自动化技术比如脚本部署并升级大量桌面，VDI才有意义。桌面部署任务涉及在VDI服务器上创建虚拟机、安装操作系统、创建模板、定制模板、克隆生产桌面的引导镜像等等。
手动执行这些任务可能需要花费20分钟左右，当这个数字乘上数十个甚至成百上千个桌面，所带来的管理问题将变得难以克服。给虚拟桌面打补丁也需要手动操作，与虚拟桌面部署一样，这也是个问题而且非常耗费时间。Lucchesi说：“大多数人可能发现最大的成本就是管理。”
通过创建“瘦”桌面能够缓解以上两个挑战。例如管理员能够精简部署一个卷，构建一个操作系统以及应用程序处于模板中的黄金镜像，然后创建可以分配给最终用户的可写入快照。用户数据与桌面镜像分离，可能存储在一个不同的存储系统上。完全不用创建新镜像就可以使用并重用相关的组件，而且消除了手动克隆过程。
将用户数据与桌面镜像分离，给虚拟桌面打补丁同样可以自动实现。虚拟化工具比如VMware的View Composer允许管理员使用更少的存储制作和主镜像共享虚拟磁盘的镜像。相比之下，VMware的View Manager简化并自动化了虚拟桌面的部署及管理。
不良的存储架构以及毫无效率的桌面部署可能导致可怜的加载时间，反应迟钝的应用程序，昂贵的劳动力损失，最终导致用户产生愤怒。恰当的存储架构对随机I/0工作负载下充足的磁盘性能以及网络弹性至关重要，避免了访问中断。具有高级缓存的存储系统能够共享缓存中的桌面镜像，当用户的桌面镜像几乎相同时，从根本上改进了加载时间。
