当谈到SaaS集成时，企业当然需要考虑更为详尽的成本预算，具体实施应用一般要比本地运行软件模式更为便宜。根据Forrester研究公司的调查显示，实施应用成本与订购一年应用的费用相当，有时甚至仅为其一半。相比之下，本地运行模式应用软件的使用许可成本往往是它的几倍。
然而，SaaS的实施过程仍旧需要咨询支持，同时SaaS应用的功能往往会受到限制。根据Forrester的报告，这意味着SaaS的用户将在诸如单点登录、设置集成等方面支付更多费用。
医疗机构Care Rehab选择了Salesforce.com来处理相关业务。例如，使用应用程序中的标签来跟踪库存以及调整其业务流程。“基于这些应用程序，我们可以管理销售人员和我们的库存。”Care Rehab的相关主管Barrett如是表示：“我们已在此基础之上建立了流程，配备了实施人员。”
大多数SaaS应用的单个用户、按月订阅的特点使得应用模式简单且持续，这对于大多数企业组织来说也是最乐于接受的。但是用户也应当了解在其他方面经常性产生的费用。例如 一些集成工具和附加技术就需要用户为此经常性地支付费用。此外，一些SaaS供应商对存储容量设定了一定上限，如需使用更多的资源就需为此支付额外的费用。
“可能Salesforce.com最出名之处就是其高昂的存储费用。”Herbert说：“当SaaS发展到企业需要更多存储资源和服务时，这个问题也会愈显突出。当然，这个问题在除SaaS之外的领域中并不明显。”
同时Forrester还提醒企业需谨慎对待低估变更管理、SaaS应用与业务流程集成和试运行调试等问题。
根据Herbert的说法，由于SaaS供应商所提供的功能往往受到限制，计划有组织广泛采用SaaS的用户往往需要选择多个SaaS供应商，因此也须将厂商管理、身份认证与访问管理以及集成产生的额外费用纳入预算之中。
尽管如此，SaaS的投资回报率（ROI）也略低于某些用户的期望。据最近一次Gartner对333名美国和英国SaaS用户以及潜在用户的调查研究发现，SaaS的费用高于他们的预期，部分用户虽曾考虑使用SaaS但又最终放弃。
SaaS的未来
SaaS市场已得到了长足的发展——根据Gartner研究公司的调查。2009年SaaS市场已达到了80亿美元的规模，比08年同期增长22%，但其发展形势仍然严峻。
“虽然SaaS市场取得了一定的成功，但这个行业将在不久的将来经历一场残酷的洗礼，可能这场变革已经开始。”THINKstrategies的执行董事Jeff Kaplan表示：“重新洗牌和整合随时将发生在这个网络泡沫时代。那么客户是否会将这些失败视为整个变革的罪状呢？我不希望这样的事情发生。”
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