尽管在虚拟化工作环境中，虚拟机备份和恢复比传统的工作平台中相对有更多选择，但是仍然有一些问题存在。
首先，管理员需要了解和应用程序相关的任何缓冲区或者缓存的状态。在实行虚拟机备份快照之前考虑这些临时数据非常有必要。
“SQL数据库运行在一台虚拟机内，并且这台虚拟机曾经备份过”，StorageIO集团的创建者和高级分析师Greg Schulz说到。 “如果出现异常，并且SQL服务器不能够正常执行业务，则就可以能会出现使用存在差异的数据库”，Schulz说到，“虚拟机可能恢复过来了，SQL可能也恢复了，***发现表格却崩溃了”。
Schulz认为唯一的方法就是从最近的一次良好备份中恢复过来，并且从该时间点恢复被破坏的数据。这一类同步操作可以在暂停一些应用程序（如SQL）时自动执行。另外，诸如VMware整合备份工具也可能把捕获到缓冲的数据作为工具正常操作的一部分。
无论哪种情况，目标都是确保在虚拟机备份快照发生时，虚拟机和应用程序都保持在完全稳定的状态。原理循证测试可以在实施关键虚拟机备份快照之前标识出可能的同步问题。
另外一个问题就是恢复。快照是一种非常高效的方法，但是整个虚拟机都会被作为一个单独的连续文件夹被捕获到。从而虚拟机就不得不从一个完整实体对象恢复过来，因此快照就会把自身归为一个单独的文件或者文件夹恢复。组织机构通常依赖于对粒度或者非关键性数据恢复可操作性的备份。
“可操作性恢复是一类用来恢复CEO删除的邮件或者被重写的Word文档的恢复方法”，Evolve技术公司的CEO Dave Sobel说到，“这是一类需要对少量数据快速恢复的备份”。
一些企业通过实行把虚拟机恢复到另外一台服务器上实现文件级别粒度的备份，使用过程中只是把具体用户所需要的文件简单地提取出来。另外一个方案就是选择能够“看到内部”的虚拟机快照的虚拟机备份和恢复工具，以及根据需要恢复特定的文件或者文件夹。Symantec Backup Exec工具可以在虚拟工作环境中刚好实现这个粒度的读取操作。
传统的裸机备份可以保护操作系统、驱动程序和物理服务器配置的每一个细微差别，以及其应用程序和数据。但是虚拟机备份并不包括底层的虚拟化管理程序和操作系统。
尽管一台虚拟机是一个完整的、可挂载的机器文件，但却不是传统意义上的裸机。目标服务器必须已经有合适的操作系统和管理程序，操作系统和管理程序必须作为单独一个环节进行备份。
“物理主机的备份策略是什么？”Sobel问到。一些单位可能倾向于在备份虚拟机时放弃对操作系统和管理程序的备份，从而选择放弃恢复原始介质中虚拟服务器的裸机部分。
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