“木马”程序会想尽一切办法隐藏自己，主要途径有：在任务栏中隐藏自己，这是最基本的只要把Form的Visible属性设为False、ShowInTaskBar设为False，程序运行时就不会出现在任务栏中了。在任务管理器中隐形：将程序设为“系统服务”可以很轻松地伪装自己。
当然它也会悄无声息地启动，你当然不会指望用户每次启动后点击“木马”图标来运行服务端，，“木马”会在每次用户启动时自动装载服务端，Windows系统启动时自动加载应用程序的方法，“木马”都会用上，如：启动组、win.ini、system.ini、注册表等等都是“木马”藏身的好地方。下面具体谈谈“木马”是怎样自动加载的。
在win.ini文件中，在[WINDOWS]下面，“run=”和“load=”是可能加载“木马”程序的途径，必须仔细留心它们。一般情况下，它们的等号后面什么都没有，如果发现后面跟有路径与文件名不是你熟悉的启动文件，你的计算机就可能中上“木马”了。当然你也得看清楚，因为好多“木马”，如“AOLTrojan木马”，它把自身伪装成command.exe文件，如果不注意可能不会发现它不是真正的系统启动文件,详情您可以点击数据库安全软件他可以帮你解决所有的有的安全隐患。
在system.ini文件中，在[BOOT]下面有个“shell=文件名”。正确的文件名应该是“explorer.exe”，如果不是“explorer.exe”，而是“shell=explorer.exe程序名”，那么后面跟着的那个程序就是“木马”程序，就是说你已经中“木马”了。
在注册表中的情况最复杂，通过regedit命令打开注册表编辑器。
在点击至：“HKEY－LOCAL－MACHINESoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersionRun”目录下，查看键值中有没有自己不熟悉的自动启动文件，扩展名EXE，这里切记：有的“木马”程序生成的文件很像系统自身文件，想通过伪装蒙混过关，
如“AcidBatteryv1.0木马”，它将注册表“HKEY－LOCAL－MACHINESOFTWAREMicrosoftWindowsCurrentVersionRun”下的Explorer键值改为Explorer=“C:WINDOWSexpiorer.exe”，“木马”程序与真正的Explorer之间只有“i”与“l”的差别。当然在注册表中还有很多地方都可以隐藏“木马”程序，
如：“HKEY－CURRENT－USERSoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersionRun”、
“HKEY－USERS＊＊＊＊SoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersionRun”的目录下都有可能，
最好的办法就是在“HKEY－LOCAL－MACHINESoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersionRun”下找到“木马”程序的文件名，再在整个注册表中搜索即可。
知道了“木马”的工作原理，查杀“木马”就变得很容易，如果发现有“木马”存在，最安全也是最有效的方法就是马上将计算机与网络断开，防止黑客通过网络对你进行攻击。
然后编辑win.ini文件，将[WINDOWS]下面，“run=“木马”程序”或“load=“木马”程序”更改为“run=”和“load=”；编辑system.ini文件，将[BOOT]下面的“shell=‘木马’文件”，更改为：“shell=explorer.exe”；
在注册表中，用regedit对注册表进行编辑，先在“HKEY－LOCAL－MACHINESoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersionRun”下找到“木马”程序的文件名，再在整个注册表中搜索并替换掉“木马”程序，有时候还需注意的是：有的“木马”程序并不是直接将“HKEY－LOCAL－MACHINESoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersionRun”下的“木马”键值删除就行了，因为有的“木马”如：BladeRunner“木马”，如果你删除它，“木马”会立即自动加上，你需要的是记下“木马”的名字与目录，然后退回到MS－DOS下，找到此“木马”文件并删除掉。
重新启动计算机，然后再到注册表中将所有“木马”文件的键值删除。至此，我们就大功告成了。
