互操作性作为一种特性，指的是不同的系统和组织机构之间相互合作，协同工作也就是互操作的能力。在嵌入式系统软件中，Windows Embedded Standard的互操作性表现要远远好于包括Wind River系统在内的嵌入式Linux系统。
Windows Embedded Standard与Microsoft.NET的广泛互操作性使得应用程序及服务可以跨越设备、PC、服务器和Web运行，创建丰富的个性化体验，而Linux根本就没有面向跨越设备、PC、服务器和Web进行应用程序和服务集成的策略。
首先，在应用程序间互操作性方面。Windows Embedded Standard能够提供应用程序间全面、无缝的集成，微软拥有用于大规模集成设备管理的系统管理服务器（SMS），能够全面管理软硬件清单、软件计量、软件分发以及远程排错。Windows Embedded Standard能够支持基于Web的集成和结构化数据交换的XML/SOAP，与基于服务器的应用程序进行集成的Microsoft Message Query (MSMQ)以及完全的DCOM和LDAP支持。
而Wind River只提供了零散的应用程序互操作性支持，通常需要额外的费用，而且经常要求第三方组件，支持LADP、DCOM和XML还必须从Wind River合作伙伴那里分别购买，不支持MSMQ；Linux提供了公用对象请求代理（调度）程序体系结构（CORBA）的支持，但不支持DCOM，使得与Microsoft后端应用程序的集成变得困难而且费时，并且设备的管理也在很大程度上依赖于简单网络管理协议（SNMP），任何集中的设备管理都需要求助于第三方，因此增加了额外的成本。
其次，在分布式应用程序开发方面。Windows Embedded Standard与Microsoft .NET框架，能够提供了一个可控的编码环境，为开发人员提供了一种构建集成式、可互操作的应用程序的强大的方法。一方面，.NET构架通过Just-in-Time编译，编译出可执行的本机代码，而不是对代码进行解释，比为跨平台使用而设计的环境提供了更丰富的基本OS功能；另一方面，.NET框架集成了多种语言，使得开发人员能够为工作选择合适的工具。
而Linux将Java作为其分布式应用程序开发环境，Java只提供了一组跨越不同OS的最普通的命名器服务。Java只能编译出本机代码，不能充分利用底层OS的独特功能。同时也只能用Java语言，不能选择更好的工具以及其它编程语言来完成任务。
通过从以上两个方面与Wind River在内的嵌入式Linux系统的比较，不难看出Windows Embedded Standard的强大优势，良好的应用程序间互操作性、分布式应用程序开发、低成本和高扩展性都决定了Windows Embedded Standard的***气质。Windows Embedded Standard的互操作性十分优秀，是一个成本更低、扩展性更强的解决方案。
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