15年前，当微软宣布将在第二年放弃发售和支持MS-DOS之后，当时还是威斯康星大学河滨校区物理专业学生的JimHall宣布要开发一个开源替代，随后有多位开发者加入了该项目。FreeDOS项目于1994年6月28日正式启动，它最初的名字是PD-DOS，1994年7月16日改名为Free-DOS，1996年开始使用名字FreeDOS。
FreeDOS于2006年9月23日发布了1.0版本，下一个版本1.1版的发布已在计划之中。FreeDOS采用GPL许可证发布源代码，它兼容MS-DOS，改进和支持了一些新技术和新标准。
今日的FreeDOS广泛应用于多个领域：如模拟器，DOS游戏，只支持DOS的企业软件，嵌入式DOS系统，甚至是预装在笔记本和上网本中。
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